Sabe-se que todo material colhido no campo possui uma quantidade de bactérias, leveduras e fungos que convivem com a planta numa contagem que gira em torno de 100.000 UFC/g de forragem. Esta flora é trazida para as plantas pelo vento, pela terra e pelos tratos culturais e dentro dela encontra-se microorganismos desejáveis para uma boa fermentação da silagem, as bactérias láticas homofermentativas, assim como outros que prejudicam a qualidade final da mesma: clostrídios, coliformes, fungos e leveduras, principalmente, a inoculação biológica, basicamente feita com bactérias láticas homofermentativas, nos garante a presença de microorganismos benéficos em contagem tal que predomine sobre os microorganismos selvagens e preserve ao máximo o valor nutritivo da forragem fresca.

Diversos microrganismos estão presentes no solo, os quais podem contaminar a planta quando de sua colheita. Dentro desta flora microbiana natural, existem microrganismos que são bons fermentadores de silagem e outros não desejáveis para uma fermentação adequada, e estes últimos podem estar em concentrações muito elevadas. Quando uma planta alcança sua maturação, a tendência é que a parte foliar entre em um processo de secagem e morte. Cada folha que entra neste processo de morte, carrega consigo um número muito elevado de microrganismos indesejáveis que se soma à contaminação com o solo.

Consequentemente, a inoculação biológica nos dá a garantia de povoarmos o material com o maior número possível de microrganismos benéficos, em contagem tal que eles predominem sobre os microorganismos selvagens, garantindo assim a máxima preservação de energia e proteínas.